日本には1,500種を越える世界的にも豊かな海藻相があり、その分布は、近海を流れる海流と密接な関係があります。
親潮の影響が強い北海道や東北地方の太平洋沿岸には、亜寒帯性の海藻(コンブなど)が、黒潮の影響が強い南西諸島は亜熱帯の海藻(サボテングサなど)が、その中間の本州中南部〜四国〜九州は温帯性の海藻(ワカメなど)が生育します。
一般的な特徴として、沖縄などの暖かい海には緑色の海藻(サボテングサなどの緑藻類)が多くなります。またサイズを比べると、暖かい海には小さくて細かい物が多く、北へ行くほどコンブのような大きな海藻が多くなります。